馬神神社は長等神社境内にある社で、古来より牛馬の守護神として、全国の三馬神社の１つである。
豊臣秀吉が信仰したとも伝えられる。
また、寛永年間に諸国に牛馬の悪疫が流行した時、当神社の神札を諸国に領布した所、悪疫が収まったと言い伝えられている。
東北、関東、山梨、長野など牛馬の使用が盛んな所や、競馬関係者の参詣が多い。
旧大津東町にあったが明治四十三年の省令により現在地に鎮座した。
最近では、競馬や乗馬の関係者、馬の愛好者、馬年生まれの方の参詣が増えており、遠方から足を運ぶ人も多い。

古来から馬を突然死に追いやる怪現象があり、頽馬（たいば）や馬魔（ぎば）として恐れられていた。
当馬神神社には、ギバ除け（頽馬除け）として使う馬の腹掛けがあり、街道を行き交う多くの馬が立ち寄り、馬の健康や道中の安全を祈願していった。

当神社では、御祭神にまつわる様々な授与品をお授けいたします。